Аудит некоммерческих организаций начинается, как правило, с проведения проверки правильности составления бюджета (сметы) и реалистичности цифр, отраженных в нем. Аудит расходования средств НКО заключается в оценке соответствия бухгалтерских записей первичным документам и соответствия расходов содержанию деятельности организации и требованиям юридических и физических лиц, от которых поступили средства. В процессе аудита НКО проводится пообъектный аудит отдельных операций, например, операций с наличными и безналичными денежными средствами, операций с основными средствами.